Hola!
No hay modo de guardar las configuraciones aplicadas al router cuando ya esta andando la topologia (igual que ocurre con los sistemas linux convencionales), a menos que armes tu propio script que las extraiga, guardes en un archivo y luego las levante al arrancar de nuevo.
En el core especificamente el método es con la topología detenida, hacer click derecho en el nodo, ir a "Services..." y ahi configurar uno, por ejemplo "StaticRoute" y agregar en el campo blanco de texto los comandos que quieras ejecutar sobre ese nodo al iniciar la topologia. No olvides de dar "Apply" en cada ventana para que guarde los cambios.
Por lo que te recomiendo ir configurando todo, vas guardando los comandos que te sirven en un archivo de texto, apagas la topologia y finalmente los pones en StaticRotues.
Respecto tu segunda consulta de la no eliminación de la ruta no se como es que eso pudo haber ocurrido y encima que no haya dado ningún error. Si te sigue ocurriendo contanos como hiciste a ver si podemos replicar el problema.
Saludos!